Su padre (el sol), y su madre es Perseis, en algunas tradiciones, aunque en otras su madre es Hécate. Es hermana de Eetes -rey de Cólquide y guardían del Vellocino de Oro- y por lo tanto es tía de Medea. También es hermana de Pasífae, esposa de Minos.
Su vivienda está en la isla de Ea, la cual aparentemente corresponde hoy a la península llamada monte Circeo. Circe es considerada una maga muy poderosa.
Odiseo (Ulises, en la tradición latina) llega a esta isla de Circe, después de estar en el país de los lestrigones. La mitad de sus hombres son enviados a hacer un reconocimiento de la isla, al mando de Euríloco. Todos se adentran en la isla, y llegan a un valle, donde hay un palacio brillante.
Todos entran, excepto Euríloco quien prefiere quedarse montando guardia. Circe -que es la dueña del palacio- recibe calurosa y hospitalariamente a los griegos, y los invita a un banquete. Euríloco es testigo de que una vez que sus amigos han probado los manjares, Circe los toca con una varita y los convierte en animales diversos, como leones, cerdos y perros, dependiendo de la naturaleza verdadera de cada uno.
Una vez hecho esto, Circe encierra a todos en unos establos llenos de animales similares. Al ver esto, Euríloco escapa y va a contarle a Odiseo todo lo que ha visto. Odiseo decide ir a rescatar a sus hombres, y mientras pensaba en un plan, se le aparece Hermes (mensajero de los dioses) y le da el secreto para vencer las artes mágicas de Circe: debe agregar una planta llamada moly que el entrega Hermes, a cualquier brebaje que ella le dé y así estará a salvo.
Así, Odiseo se presenta ante Circe que hace lo mismo que había hecho con sus compañeros y le ofrece de beber. Odiseo acepta, pero antes agrega la planta molly al brebaje, por lo que cuando Circe intenta convertirlo en animal con su varita, no sucede nada.
Odiseo saca su espada y le hace jurar a Circe que no le hará daño y que liberará a sus hombres. Hecho esto, Odiseo se queda con Circe un año de placeres (aunque para otros es un mes), pero nunca olvida a Penélope. Circe tiene con Odiseo a Telégono y a Casífone. Según algunas versiones también tuvo a Latino. Además, Circe es madre de Fauno quien nació de su unión con Zeus.
En la leyenda e los Argonautas, Circe hace su presencia en el viaje de regreso cuando Jasón viene con Medea -quien le ha ayudado a obtener el Vellocino de oro y está totalmente enamorada de él-. El Argos llega a la isla de Eea, donde la maga Circe los recibe y purifica a Jasón y a Medea por la muerte de Apsirto, pero no le da hospitalidad a Jasón, y se limita a conversar largamente con su sobrina.
